直升机扰民归民航部门管因为在航空交通管理中，直升机属于低空飞行器，涉及到飞行安全和空域使用问题，民航部门负责管理和监管直升机的飞行活动。

同时，直升机飞行噪音也会影响居民的日常生活和休息，需要相关部门积极采取措施加以限制和治理。

另外，如果直升机飞行活动波及到自然资源保护、文物保护、城市管理等其他领域，可能还需要涉及到相关部门的协调和合作。