按照常规的理解，将一条使用了几十年的排水沟覆盖种植农作物可能会被认为是对水利设施的破坏。这是因为排水沟的主要功能是排除或引导雨水和污水，保持农田的排水通畅，防止水淹或产生水源污染。将排水沟用于种植农作物可能导致排水系统受损，导致水流受阻，影响农田的排水效果，甚至可能导致洪水的发生。

但是，在具体情况下，是否认定为破坏水利设施还需要考虑其他因素，如排水沟的设计用途以及当地法律法规的规定。也许有些地区允许在排水沟旁边用于种植农作物，而不会被视为破坏水利设施。因此，最好咨询相关的水利部门或当地政府机构，以了解具体的法律规定和政策。