异丙噻菌胺和吡噻菌胺是两种不同的杀菌剂，虽然它们都属于酰胺类杀菌剂，但在化学结构、作用机制和用途等方面存在一些差异。

首先，异丙噻菌胺是一种含有噻吩杂环的琥珀酸脱氢酶抑制剂，通过抑制电子从琥珀酸到泛醌的传递来阻断病原菌的能量代谢，从而达到防治植物病害的目的。它广谱、高效，具有保护、治疗和渗透作用，能有效控制子囊菌纲和半知菌纲真菌，防治多种叶面和土传病害。而吡噻菌胺则是一种新颖酰胺类杀菌剂，其对担子菌、子囊菌和不完全菌都有效，被推荐用于防治对其他杀菌剂具抗性的灰霉病和白粉病。

其次，在用途上，异丙噻菌胺可用于果树、蔬菜、葡萄、油菜、莴苣、番茄和草坪等作物，对经济作物的灰霉病、白粉病、菌核病、黑星病、炭疽病和币斑病活性显著。而吡噻菌胺也被广泛应用于果树、蔬菜、草坪等众多作物，防治锈病、菌核病、灰霉病、霜霉病、苹果黑星病和白粉病。

综上所述，异丙噻菌胺和吡噻菌胺虽然都是酰胺类杀菌剂，但在化学结构、作用机制和用途等方面存在一些差异。在实际应用中，应根据不同的作物和病害选择合适的杀菌剂进行防治。