脑支架和心脏支架的医保报销比例可能存在差异，主要原因在于两者的医疗费用、技术复杂程度以及医保政策等方面存在差异。

医疗费用：脑支架和心脏支架的费用可能不同，包括手术费用、支架材料费用以及术后康复费用等。一般来说，心脏支架手术费用相对较高，因此报销比例也可能较高。

技术复杂程度：心脏支架手术相对于脑支架手术，技术要求更高，风险也更大。因此，在医保政策制定时，可能会对心脏支架的报销比例给予一定的倾斜。

医保政策：脑支架和心脏支架的报销比例还受到当地医保政策的影响。不同地区的医保政策可能存在差异，导致两者的报销比例不同。