两者的三个主要区别是：

长势：大口鲶长势快，当年生长可达几斤的个体；小口鲶长势慢，当年生长只有几两或者1.5斤以下的个体。

口裂：大口鲶口裂大，口裂末端达到或超过眼眶中后部的下方；小口鲶口裂小，末端伸达眼球前缘下方，一般不过眼眶中部。

尾鳍：大口鲶尾鳍不对称，尾鳍上叶明显比下叶长，稍窄且略尖；小口鲶尾鳍上叶下叶对称等长同齐，大小无明显差异。