昆明市交通管理局规定，云A牌照摩托车可以在昆明市区行驶，但必须遵守交通规则，如佩戴安全头盔、不超速、不闯红灯、不逆行等。此外，为了保障交通安全，昆明市也对摩托车行驶路线进行了限制，不允许在重点路段和区域内通行，如在环城高速公路、三环路等区域行驶需要特别注意。综上所述，云A牌照摩托车可以在昆明市区跑，但需严格遵守交通规则和路线限制，以免影响交通秩序和个人安全。