事故顶包最轻的处理方式是进行调查，并根据证据结果进行处理。如果可以证明他并非主要责任人，可以适度减轻其责任或免责。如果他确实存在违规行为，也应给予相应的处理，但不应过度惩罚或炮制罪名。此外，应当建立健全的制度和规定，警惕以后类似事件的发生，避免类似情况的再次出现。这样处理既能平息事态又能保护个人权益，促进司法公正和社会稳定。