商家承担
少件漏发退货的运费可以双方协商承担；如果商家无法补发，且补发导致已购买的商品无法使用的，应当予以退货，并由商家承担运费。
少件漏发除承诺无理由退货的情况外，商家可以采取补发、部分退款等方式解决，不一定要退货处理，因此产生的运费可能由商家承担，也可能由商家和消费者共同承担。
法律依据
当事人一方不履行非金钱债务或者履行非金钱债务不符合约定的，对方可以请求履行，但是有下列情形之一的除外：
法律上或者事实上不能履行；
债务的标的不适于强制履行或者履行费用过高；
债权人在合理期限内未请求履行。
有前款规定的除外情形之一，致使不能实现合同目的的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求终止合同权利义务关系，但是不影响违约责任的承担。