厦门牌和漳州牌的主要区别在于它们的车牌开头字母不同。厦门的车牌开头是“闽D”，而漳州的车牌开头是“闽E”。此外，在费用方面，厦门牌照的车辆每年需要交纳路桥年费，而漳州牌照的车辆则不需要。总的来说，这两个车牌代表了不同的地区，并在一些细节上有所不同，比如车辆管理和费用缴纳等方面。