路由器自组网和上层网关组网是两种不同的组网方式，它们有以下的区别：

1. 功能不同：路由器自组网是指多个路由器通过组网协议自动建立网络连接，彼此之间可以互相传输数据，实现互联网的接入和分发功能；而上层网关组网是指在一个网络中，通过设置一个上层网关设备来管理和分配IP地址，连接不同的子网，实现不同子网之间的通信。

2. 网络规模不同：路由器自组网通常用于构建大型的广域网（WAN），例如区域网络或企业网络，它可以覆盖广阔地区，连接不同地点的设备和子网；而上层网关组网通常用于构建较小规模的局域网（LAN），例如家庭网络或小型办公室网络，它通常用于连接不同的子网，实现局域网内的互通。

3. 网络拓扑不同：路由器自组网通常采用多层和分布式的结构，其中的路由器扮演着核心节点的角色，控制网络的路由和转发；而上层网关组网通常采用单层和集中式的结构，上层网关设备位于网络的中心位置，管理和控制整个网络的数据流向和地址分配。

4. 管理与配置不同：路由器自组网通常需要进行复杂的配置和管理，包括路由器的连接设置、路由表的配置等；而上层网关组网相对简单，只需要对上层网关设备进行基本的配置和管理，例如IP地址的设置和子网的关联等。

总的来说，路由器自组网适用于构建大型的广域网，连接多个地点的设备和子网；而上层网关组网适用于构建较小规模的局域网，连接不同的子网实现内部通信。