淡水环境中的微生物种类繁多，包括细菌、真菌、病毒等。

例如，军团菌是一种兼性细胞内致病菌，普遍存在于天然淡水和人工水域环境中，或在原生动物胞内寄生。

还有嗜肺军团菌种，已被发现有16种血清型，可在25-42℃之间繁殖，最适宜生长的温度是35℃，可引起急性呼吸道传染病，统称为军团菌病。

以上只是淡水微生物中的部分例子，实际上淡水环境中的微生物种类繁多，无法一一列举。