在清代玉雕中，动物耳朵孔一般是通过钻孔方式制作而成的。这是因为玉石质地较硬，需要使用高速旋转的工具和精密的技术来钻孔。钻孔的过程要求非常小心，一旦失误就会损坏整个作品。而使用钻孔的方式可以使得雕刻者更好地控制孔的大小和位置，使得玉雕作品更加精美和完美。因此，清代玉雕中的动物耳朵孔通常是通过钻孔方式制作而成的。