在市级医院使用新农合医疗保险进行报销，流程主要包括以下几个步骤：
1. 参保地备案：首先需要在参保地进行备案。一些地方如深圳已开通网上备案通道，可以在社保局官网提交申请。部分地区则需要您亲自到社保局办理备案。
2. 就诊：带好自己的医保卡等资料前往市级医院就诊。
3. 结算报销：目前，大部分地区并未开通异地直接报销通道，因此您需要携带病历、收费票据、出院证明等资料回到参保地医保局进行报销。
另外，需要注意的是，新农合的报销比例在市级医院通常比在乡镇医院低。所以，如果在经济条件允许的情况下，建议尽量选择在乡镇医院进行治疗以获取更高的报销比例。此外，特殊病种门诊报销可持二级及以上定点医疗机构出具的病例以及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料向新农合业管中心提出申请，经审核批准后，其门诊医药费用可以列入新农合基金的报销范围。