花菜有两种品种，是由于自然界中存在着两种不同的花菜基因。这两种基因分别控制着花菜花序的不同生长方式和颜色，一种是紫色品种，花序呈紫色，这种品种叫做普通花菜；另一种是白色品种，花序呈白色，这种品种叫做花椰菜。两种品种在营养价值上没有明显差别，但在口感和用途上有所区别，例如白色品种更适合食用生食、炒着吃或者煮汤，而紫色品种一般用来制作高原农家乐里的家常菜。