船只排出的废水往往含有高浓度的有机物、氮和磷等营养物质以及病原体，会对海洋环境造成重大危害。

其中，氮和磷的排放会导致海水中营养盐含量增加，促进水母、藻类等海洋生物的过度生长和繁殖，形成海洋赤潮和蓝藻等有毒藻类，危害海洋生态平衡；病原体会对人体健康和海洋动植物的生存健康产生较大影响。

因此，船只排放的废水严重污染海洋水体，必须采取科学有效的治理措施，保护海洋环境和人类健康。