楼顶种菜专用箱子是否安全，需要考虑以下几个方面：

1.结构稳定性：箱子需要能够承受种植土、植物和雨水的重量，以及可能的风荷载。如果箱子结构不稳定，可能会发生倒塌或倾斜的危险。

2.防水性能：楼顶种菜专用箱子需要具备良好的防水性能，以防止雨水渗透到箱子内部，导致种植土流失和植物死亡，同时也可以避免对楼顶造成损害。

3.材料质量：箱子的材料需要具备一定的耐久性和稳定性，以保证长期使用不会出现破损或变形的情况。

4.安装方式：箱子需要正确安装在楼顶上，以确保其稳定性和安全性。如果安装不当，可能会导致箱子倾斜或脱落的危险。

因此，如果你打算在楼顶上使用种菜专用箱子，建议选择质量可靠、结构稳定、防水性能好的产品，并按照厂家提供的安装说明进行正确安装。同时，在使用过程中要注意定期检查和维护，以确保箱子的安全性和稳定性。