扫描PDF文件可以通过多种方式保存。

一种常用的方法是使用扫描仪将纸质文件扫描为PDF格式，然后将其保存在计算机中的某个文件夹中。

另一种方法是使用PDF编辑器或文档管理软件，如Adobe Acrobat或OneDrive，直接将扫描后的PDF文件导入并保存。当保存PDF文件时，确保选择适当的文件名和保存路径，并使用密码保护和其他安全措施（如文件加密和数字签名）确保文件的安全性。此外，请注意备份您的文件以避免数据丢失。