牛蒡子播种后第二年收获。果实秋季成熟，当其总苞变黄时，成熟一批采收一批，用剪刀剪下。

采集的果实应摊开晒干，干燥后用木棍反复拍打，即可脱出种子，然后去除杂质，再进行晒于即可。

牛蒡子根在收种后，立即挖出，刮去黑皮，晒干即成商品。成品放通风干燥处，避免受潮发霉。