长崎蛋糕的起源有两部分。

一是源于16世纪的西班牙宫廷茶点，后经葡萄牙传到日本。

二是相传四百年前荷兰王国王室贵族间赠送的礼品，后来传到日本长崎。大约在距今三四十年前传入中国台湾。因此，长崎蛋糕融合了东西方的文化和历史，成为了独特的美食。