南京中转站到昆明中转站的路程需要大约两个半小时。由于它们之间跨越了中国东西两边，所以需要飞机进行中转。航班时间大约为2小时，但是还需要一些停留时间，在机场内等待检查、换乘并等待航班起飞的时间。所以总共需要大约2个半小时左右。当然，具体的到达时间也会取决于您的起飞和到达时间、航班的情况和其他不可控因素。