红警2有两个阵营：苏联和盟军。苏联以强大的兵力、重型坦克和大炮为主要特点，同时拥有能够拦截导弹和轰炸机的防空系统以及可怕的核弹武器。

而盟军则注重科技发展，拥有各种高科技武器，如激光炮、天气控制器、机械蜘蛛等。同时其海军实力也非常强大，有多种舰艇和潜艇。在游戏中，玩家可选择加入其中一方，与敌人展开战争，为自己的阵营争取最后的胜利。