重庆货车营运证的年审流程如下：车主需先到交通运管部门的综合性能检测站对车辆进行综合检测，确保车辆性能符合标准，并按期进行二级维护并盖章。

接着，车主需携带保险单、营运证和行驶证等必要材料到车籍地运管所填写年审表，并留下相关资料的原件和复印件。

运管所会开具营运证待理证，通常在15天左右，车主就可以前往运管所领取已年审的营运证了。