医保账户余额是负的主要原因有：

1.系统问题，可以稍晚几天再查一下；单位缴费和您消费的延迟性；

2.员工从单位离职后，可能查询到医保个人账户余额显示为负数。

3.当职工离职前医保个人账户实际刷卡使用资金超过实际划入资金，在医保系统办理减员后医保个人账户就会产生负数了。

4.部分参保职工的医保账户余额成为了负数或者较之系统升级前有所减少。