有氧棉双层纱与纯棉的区别在于纱线的结构与制作工艺。有氧棉双层纱采用双重纤维交织织成，使其具有优异的耐磨性和透气性，同时不易起球或变形；而纯棉则是由单一的棉纤维制成，其特点是柔软舒适、透气性好，但相对容易起球、变形和磨损。

因此，有氧棉双层纱更适合制作高强度、高耐久性的运动服装和户外用品等领域；而纯棉则更适合日常衣物以及对皮肤贴合性和透气性要求较高的衣物。