多个工程项目的分别核算需要遵循一定的方法和步骤，以确保核算的准确性和有效性。以下是一些建议：

建立独立的项目账户：为每个工程项目建立独立的账户或子账户，用于记录该项目的所有收入和支出。这有助于清晰地区分不同项目的财务状况。

制定详细的核算制度：制定一套详细的核算制度，明确工程项目的成本核算范围、核算方法、核算周期等。确保核算制度符合相关法律法规和会计准则的要求。

分别记录成本和收入：对每个工程项目的成本和收入进行分别记录。成本包括直接成本和间接成本，如材料费、人工费、设备租赁费、管理费等。收入则根据项目的合同金额和进度进行确认。

定期进行核算和审计：按照核算制度的规定，定期对每个工程项目的财务状况进行核算和审计。这有助于及时发现和纠正核算中的错误和偏差，确保核算结果的准确性。

汇总和分析核算结果：将各个工程项目的核算结果进行汇总和分析，以了解整个企业的财务状况和经营成果。这有助于企业做出更明智的决策，优化资源配置，提高经济效益。

需要注意的是，不同工程项目的特点和需求可能有所不同，因此在分别核算时需要根据实际情况进行调整和优化。同时，加强内部控制和风险管理，确保核算工作的顺利进行和核算结果的可靠性。

最后，建议企业加强财务管理人员的培训和教育，提高他们的专业素养和核算能力，以确保多个工程项目的分别核算工作能够得到有效执行。