蓟州区地势北高南低，山区、平原、洼区自北向南依次分布。境内山脉属燕山支脉，主要山峰有九山顶八仙桌子、盘山等，海拔均在800米以上，其中，九山顶为最高点，海拔1078.5米。平原居于县境中部，土壤肥沃，河渠交错。洼区分为青淀洼、太河洼两大洼淀，其中，太河洼底为最低点，海拔1.5米。