出生证明补办困难的原因可能涉及多个方面。

首先，办理出生证明的补办需要遵循一定的管理要求和流程。例如，根据规定，办理《出生医学证明》换发及补发的情形均需要孩子父母双方亲自到场办理，否则不予受理。然而，在实际操作中，由于各种原因，如一方在国外、已经离婚等，可能导致孩子父母双方不能亲自到场，这就增加了补办出生证明的困难。

其次，出生证明的补办还受到档案管理的影响。如果医疗机构存在改制，可能导致早期在原各镇中心卫生院办理的档案材料存档不全。另外，如果出生医学证明管理系统发生变更，早期系统中的办证信息未能备份，也会导致出生医学证明信息查询困难，进一步增加了补办出生证明的难度。

最后，特殊情况下换发、补办《出生医学证明》也可能存在困难。例如，同一人持有多张《出生医学证明》的情况，需要进行核实和调查，增加了补办的复杂性和难度。

综上所述，出生证明补办困难的原因主要包括管理要求、档案管理、系统变更以及特殊情况等多方面因素。在实际操作中，需要遵循相关规定和流程，尽可能提供完整的材料和信息，以便顺利补办出生证明。