西藏特殊门诊的办理流程如下：

参保单位或参保个人首次申请须在每季度最后一个月15日以前，凭《医保手册》到初审医院医保科领取表格并完整填写《特殊病种门诊申请表》，还要备齐申报病种的相关病历资料（或复印件）、一张近期1寸免冠照片，选定一家定点医院和一家特殊病种门诊服务药店就医、购药。

异地安置人员特门申报由单位医保专干或本人到本市本级特门初审鉴定医院医保科办理相关手续。

以上就是西藏特殊门诊的办理流程，希望能够帮助到您。