命运之夜无限剑制和06版是两个不同的动画版本，它们在剧情、制作和表现方式上都有一些区别。

首先，从剧情上来说，06版《Fate/Zero》是《Fate/stay night》的前传，主要讲述了第四次圣杯战争的历程以及各位英灵的故事。而无限剑制《Fate/stay night [Unlimited Blade Works]》则是《Fate/stay night》的其中一条线路，主要讲述了主角卫宫士郎与英灵远坂凛之间的故事。因此，两个版本的剧情侧重点不同，但都是基于相同的设定和世界观。

其次，从制作上来看，无限剑制相较于06版在画面质量、音效和配乐等方面都有了很大的提升。无限剑制采用了更加先进的动画技术，使得画面更加流畅、细腻，同时音效和配乐也更加出色，为观众带来了更加震撼的视听体验。

最后，从表现方式上来说，两个版本也有所不同。06版更注重对角色内心的描写和情感表达，通过细腻的画面和音效来展现角色的内心世界。而无限剑制则更加注重战斗场面的表现，通过华丽的特效和紧张刺激的战斗来展现英灵的实力和魅力。

综上所述，命运之夜无限剑制和06版在剧情、制作和表现方式上都有所不同，但它们都是基于相同的设定和世界观，都有着各自独特的魅力。观众可以根据自己的喜好选择观看其中一个版本或者两个版本都看，来更全面地了解《Fate》系列的世界。