生育金单位在发放生育津贴时，通常会扣除一些费用。这些费用包括但不限于：社会保险费、个人所得税、医疗费用、住院费用、手术费用、药品费用等。

此外，还可能根据国家或地区的相关政策规定，扣除其他费用，例如住房公积金、失业保险金等。具体扣除项目会因地区、单位政策的不同而有所差异。生育金单位要扣除这些费用是为了保证生育津贴的合法性和公平性，确保福利金的合理使用。