如果同城旅行预定酒店未入住扣款了，可以先联系酒店客服或预订平台客服了解原因，并尝试协商退款或改期。如果协商无果，可以向银行或第三方支付平台投诉，提供相关证据并申请退款。同时，也要查看预订时的规定和条款，确保自己的权益得到保障。