在计算12-9=3时，需要先进行减法运算，将9从12中减去，得到3。减法是数学中的一种运算方法，它用于计算两个数之间的差值。在计算减法时，需要先写下两个数，被减数在前，减数在后，然后从减数上开始逐位与被减数相减，根据位上的数值大小计算出每一位的差值。最后将各位差值相加即可得到最终的结果。因此，在计算12-9=3时，我们需要先从9中减去2，得到3，再从1中减去0，得到1，最后将两个差值相加即可得到答案3。