农村自建房超面积的确权需要先进行测量，得到实际面积和建筑规划许可证上的面积，确认是否存在超面积情况。如存在超面积，需了解当地规定是否可以申请扩建许可或者要核减超出部分。若可以扩建，则需提供相关申请材料并经过审批才能获得相关权益。若要核减，则需进行相关手续并缴纳相应费用，最终进行确权审批，以取得权益证明。