根据民法的规定，借贷双方应当自愿约定借贷合同的各项内容，包括偿还方式、期限等，未经约定的情况下，任何一方不能擅自变更还款方式。因此，公司单方面将借款当做冲抵债务的行为是不合法的。若公司未按照约定的方式履行还款义务，借款人可以通过法律途径追回债权。建议在借贷合同中，要明确约定还款方式、期限等重要条款，避免发生争端。