表层水和深层水在多个方面存在显著区别。表层水主要指河流、湖泊等水体的上层水，它容易受到环境因素的影响，如温度、光照、污染等，因此其水质和生物群落较为多变。

而深层水则通常指地下水体，它们位于地表以下较深处，水质较为稳定，不易受到污染，且温度较低。

此外，深层水由于经过长时间的自然过滤和净化，通常含有较为丰富的矿物质和微量元素，对人体健康有益。