旗帜牌奶源好些。

因为旗帜牌奶源自新西兰，拥有较好的牧场环境与管理，奶牛饲料和水质量也更优质，并且对于奶牛的生长和健康有更严格的管理与监控，因此产出的奶源质量更高。

同时，旗帜牌奶源在国内市场上也有较好的口碑和市场占有率，品质有保证。

与之相比，飞鹤奶源虽然也是对奶源抽检监测，但由于木偶奶事件的影响，其口碑在国内市场上较差。