一般而言，论文的参考文献不会被查重，但是是否要查重还是要看学校是否要求查重。每一所学校对论文查重都有不同的要求，但基本上学校不会要求学生查重论文的参考文献。

普通学校只会要求学生指导查重论文的正文即可，一般学生只需将论文的正文上传到论文查重系统查重即可，无需查重其它部分，如引用、文献综述等部分无需查重。