地铁S3号线途经江宁区、雨花台区、建邺区和浦口区，线路东起南部新城的南京南站，一路向西经过雨花经济开发区北部、铁心桥地区、河西新城南部，行驶大胜关长江大桥专用过江通道跨越长江，进入桥林新城，西至高家冲站，是中国唯一一条在桥上与高铁并行的地铁线路。