阴性菌指的是不能产生蓝绿色素（即不能产生酸性底物）的微生物。它们不能产生乙酰胆碱，而且在培养基上呈棕褐色、浅灰色或白色。

在实验室中，通常可以将阴性菌分为三大类：球菌、杆菌和支原体。其中，球菌包括细菌和真菌；杆菌有大量细菌种类；支原体指的是狭义意义上的支原体，即病毒、衣原体、细菌等。阴性菌在日常生活中有很多用途，例如发酵食品、制作饮料、制药、环境保护等，都会使用到这类微生物。