没什么区别，都是官名，亦为行政区名。

左冯翊:秦以内史掌治京师，汉武帝时分置左右 内史。武帝太初元年（前104年）将左内史更名“左冯翊”，治所在长安（今西安市西北），相当于郡守。

右扶风:秦置主爵中尉，掌列侯。入汉因之。景帝中元六年(前144)更名主爵都尉。武帝太初元年(前104)改右扶风。汉时将京兆尹、左冯翊、右扶风合称三辅。