处理集装箱违建需要遵循所在地的法律法规和相关规定。以下是一般的处理步骤：

1. 调查取证：相关部门（如城市管理部门、规划部门等）需要对集装箱违建进行实地调查，收集相关资料和证据，以确定违建的性质和严重程度。

2. 发出整改通知：如果确认集装箱违建属实，相关部门需要向违建者发出整改通知，要求其在规定期限内自行拆除违建。

3. 沟通协调：在与违建者沟通过程中，力求通过和平、理性的方式解决违建问题。有可能的情况下，尽量达成共识，确保违建得到妥善处理。

4. 法律手段：如果违建者拒绝配合整改，相关部门可以依法采取法律手段，例如强制拆除违建。在此过程中，要确保遵守相关法律法规，尊重违建者的合法权益。

5. 后续监管：在违建拆除后，相关部门需要加强后续监管，防止违建现象再次发生。这对于维护城市规划和公共利益至关重要。

需要注意的是，具体处理方法可能因国家和地区的法律法规有所不同。在处理集装箱违建时，应以所在地的相关规定为准。