大额存款跨行转账有手续费，只要是跨行进行转账，只要是超过5000元，肯定会有手续费，不过手续费是有封顶的，最高也就50元，手续费是按照转账的金额按照不同的费率进行计算的，跨行进行大额转账是肯定会有手续费的。