花枝鼠近亲繁衍会导致基因遗传缺陷的增加，如智力低下、免疫力下降、生殖不良等问题。这是因为近亲繁衍会导致基因重复，增加了遗传缺陷的发生概率。此外，近亲繁衍还会导致基因多样性的降低，减少种群的适应性和生存能力。因此，为保护花枝鼠的基因多样性和健康繁衍，应避免近亲繁衍，保持健康的基因库。