如果参加小高考（初中毕业升学考试）的考生有两门科目没有通过，一般情况下可以选择以下几种方式处理：

1. 补考：有些地区或学校会安排科目的补考机会，考生可以参加补考来提高成绩。

2. 重修：如果考生的成绩无法通过补考，可能需要重修未通过的科目，重新参加考试。

3. 就读其他学校：有些学校可能会接受未通过小高考的考生，可以考虑就读其他学校或其他类型的学校。

具体处理方式可能因地区和学校而异，建议考生及家长咨询当地教育部门或学校相关负责人，了解具体的补救措施和政策。