专项扣除是税法为减轻个人负担而设立的一项措施，填写完毕后需要等待纳税人所在的税务机关进行审核，并根据审核结果进行扣除。

因此，一般情况下专项扣除填写完毕后并不会立即生效，而是需要在下一季度税收申报时才能生效。

但在某些特殊情况下，如作为个人所得税申报时填写并生效，但这种情况需要根据具体情况具体分析。总之，专项扣除的生效时间取决于纳税人所在的税务机关的处理速度和具体的办理流程。