1、安全问题
由于磁悬浮系统必须辅之以电磁力完成悬浮、导向和驱动，因此在断电情况下列车的安全就不能不是一个要考虑的问题。
高速状态下运行时，列车的稳定性和可靠性也需要长期的实际检验。
2、亏损问题
上海磁悬浮每年亏损几十亿，无人乘坐，参加修建上海磁悬浮快速列车的电力专家介绍，敷设在磁浮工程全线的电缆，是德国进口的一种普通铝芯制高压电缆，受电后将产生20KV高压。
3、建设贵
上海段约30公里的线路设计投资为100 0亿元人民币，而德国的两条线路，一条36．8公里长，将耗资约26亿欧元；另一条长度78．9公里，则将耗资32亿欧元。