协议上只有公章，没有签字或按印，也是有效的。

根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。因此，只要公司盖章，一般情况下协议都是有效的。

然而，这也取决于协议的具体内容和约定。如果协议中明确规定了需要签字或按印才能生效，那么只有公章而没有签字或按印的协议可能无效。此外，如果公司内部人员私自加盖公章，而被证明属实，那么该协议也可能被认定为无效。

因此，为了确保协议的有效性，建议在签署协议时，除了盖章外，还应尽可能要求对方签字或按印。同时，也要注意协议的具体内容和约定，以避免因不符合要求而导致协议无效。