体育课两个班排队的方法可以采用交替排队的方式，也就是先由一个班排成一条长队，然后在队尾再排另一个班。这样可以有效地减少人员拥挤的情况，让整个队伍更加有序。同时，需要注意的是要让每个班级排出相同的人数，以免影响比较敏感的身体素质测试。此外，班级排队还需要注意安全问题，如不要在操场上拥挤排队等。