这需要视情况而定。

1.发不出芽的大豆基本上是因为它们已经死掉了，和转基因没有什么关系。大豆作为一种高脂肪高蛋白的种子，发芽率随着时间下降的很快。如果对生豆芽感兴趣，不妨去田间地头直接搞点最新的大豆，那就会非常容易的发出豆芽。

2.转基因作物主要是认为导入了一些抗虫抗病基因，可能对生态产生非常严重的污染，再就是导入的基因经过变异或者基因重组产生新的未知表达产物，危险性未知，发芽应该是没有问题。