吉木萨尔的主要旅游景点有：车师古道、北庭都护府城址和北庭西大寺（高昌回鹘佛寺）、千佛寺、普氏野马繁殖中心、沙漠温泉和沙漠狩猎场，以及大龙口沟、渭户沟、吾塘沟、花儿沟、牛圈子沟等天山自然景观。